| 2026-05-21 | Deportivo Cuenca Juniors v 22 de Julio | 3–0 | Regular Season - 11 |
| 2026-05-30 | 9 de Octubre v Deportivo Cuenca Juniors | 3–3 | Regular Season - 12 |
| 2026-06-04 | Deportivo Cuenca Juniors v Macara | 0–1 | Round of 32 |
| 2026-06-07 | Deportivo Cuenca Juniors v El Nacional | 4–1 | Regular Season - 13 |
| 2026-06-10 | Ind. Juniors v Deportivo Cuenca Juniors | 4–0 | Regular Season - 14 |
| 2026-07-03 | Deportivo Cuenca Juniors v San Antonio | 1–0 | Regular Season - 15 |
| 2026-07-09 | Deportivo Cuenca Juniors v LDU Portoviejo | 1–0 | Regular Season - 16 |
| 2026-07-17 | Santo Domingo v Deportivo Cuenca Juniors | 0–1 | Regular Season - 17 |
| 2026-07-24 | Deportivo Cuenca Juniors v Atletico FC | 0–0 | Regular Season - 18 |
| 2026-07-30 | Cumbayá v Deportivo Cuenca Juniors | 0–0 | Regular Season - 19 |
| 2026-08-08 | Deportivo Cuenca Juniors v Cuniburo | 0–2 | Regular Season - 20 |
| 2026-08-14 | 22 de Julio v Deportivo Cuenca Juniors | 0–1 | Regular Season - 21 |
| 2026-08-20 | Deportivo Cuenca Juniors v Gualaceo SC | 0–3 | Regular Season - 22 |
| 2026-08-28 | Deportivo Cuenca Juniors v 9 de Octubre | 1–1 | Promotion Group - 1 |
| 2026-09-04 | Ind. Juniors v Deportivo Cuenca Juniors | 1–0 | Promotion Group - 2 |
| 2026-09-11 | Deportivo Cuenca Juniors v Cuniburo | 0–2 | Promotion Group - 3 |
| 2026-09-16 | Deportivo Cuenca Juniors v San Antonio | 1–0 | Promotion Group - 4 |
| 2026-09-24 | Atletico FC v Deportivo Cuenca Juniors | 2–0 | Promotion Group - 5 |
| 2026-10-02 | Deportivo Cuenca Juniors v Ind. Juniors | 0–2 | Promotion Group - 6 |
| 2026-10-07 | Cuniburo v Deportivo Cuenca Juniors | 1–1 | Promotion Group - 7 |
| 2026-10-16 | San Antonio v Deportivo Cuenca Juniors | — | Promotion Group - 8 |
| 2026-10-21 | Deportivo Cuenca Juniors v Atletico FC | — | Promotion Group - 9 |
